Ogłoszenie o zmianie ogłoszenia
91.2025 Wykonanie analizy transkryptomu na skrawkach tkanek utrwalonych w parafinie na potrzeby Zakładu Histologii i Embriologii Uniwersytetu Medycznego im. Piastów Śląskich we Wrocławiu

SEKCJA I - ZAMAWIAJĄCY

1.1.) Nazwa zamawiającego: Uniwersytet Medyczny im. Piastów Śląskich we Wrocławiu

1.3.) Krajowy Numer Identyfikacyjny: REGON 000288981

1.4.) Adres zamawiającego:

1.4.1.) Ulica: Wybrzeże Ludwika Pasteura 1

1.4.2.) Miejscowość: Wrocław

1.4.3.) Kod pocztowy: 50-367

1.4.4.) Województwo: dolnośląskie

1.4.5.) Kraj: Polska

1.4.6.) Lokalizacja NUTS 3: PL514 - Miasto Wrocław

1.4.9.) Adres poczty elektronicznej: monika.komorowska@umw.edu.pl

1.4.10.) Adres strony internetowej zamawiającego: www.umw.edu.pl

1.5.) Rodzaj zamawiającego: Zamawiający publiczny - jednostka sektora finansów publicznych - uczelnia publiczna

1.6.) Przedmiot działalności zamawiającego: Edukacja

SEKCJA II – INFORMACJE PODSTAWOWE

2.1.) Numer ogłoszenia: 2025/BZP 00407744

2.2.) Data ogłoszenia: 2025-09-04

SEKCJA III ZMIANA OGŁOSZENIA

3.2.) Numer zmienianego ogłoszenia w BZP: 2025/BZP 00380782

3.3.) Identyfikator ostatniej wersji zmienianego ogłoszenia: 01

3.4.) Identyfikator sekcji zmienianego ogłoszenia:

3.4.1.) Opis zmiany, w tym tekst, który należy dodać lub zmienić:

Przed zmianą:
1. Przedmiotem zamówienia jest wykonanie analizy transkryptomu na skrawkach tkanek utrwalonych w parafinie na potrzeby Zakładu Histologii i Embriologii Uniwersytetu Medycznego im. Piastów Śląskich we Wrocławiu.
2. Krótki opis przedmiotu zamówienia:
Przedmiot zamówienia obejmuje:
1) Wykonanie analizy molekularnej o rozdzielczości subkomórkowej na skrawkach tkanek FFPE, tkanki w postaci mikromacierzy tkankowych, brak konieczności optymalizacji próbek przed analizą.
2) Analizę ludzkich tkanek nowotworu piersi z wykorzystaniem systemu do analizy opartego o dedykowane, wysoce specyficzne sondy i odczyt sygnału fluorescencyjnego.
3) Wykonanie analizy dla minimum 20 skrawków, przeanalizowanie minimum 47cm2 tkanki.
4) Dla każdej próbki analiza przynajmniej 280 genów ludzkich - gotowy panel sond zaprojektowany i przetestowany przez producenta.
5) Możliwość dodania do 100 genów do analizowanej puli, w tym możliwość zaprojektowania sond do wykonania izoform, transgenów i translokacji.
6) Analizę o rozdzielczości subkomórkowej, precyzja lokalizacji transkryptu w płaszczyźnie xy nie gorsza niż 30 nm, dla każdego wykrytego transkryptu muszą być podane współrzędne xyz.
7) W celu precyzyjnego wykrycia komórek segmentacja oparta na minimum 3 lub 4 poziomowym systemie barwienia: jąder komórkowych i/lub białek błonowych i/lub cytoplazmatycznych i/lub 18S r RNA.
8) Proces analizy nie może mieć niszczącego wpływu na analizowaną tkankę, aby po zakończeniu analizy była możliwość wykonania barwienia H&E lub immunofluorescencji dokładnie na tym samym, badanym skrawku.
9) Wykorzystany do analizy system, na podstawie zebranych sygnałów fluorescencyjnych, musi automatycznie wykonywać analizę danych, to znaczy: segmentację i klastrowanie komórek, wykonywanie transkryptów i wizualizowanie ich lokalizacji na tkance, podawanie liczby wykrytych transkryptów. Przeanalizowane dane dostarczone w takiej formie, że nie jest konieczna zaawansowana analiza bioinformatyczna.
10) Wyniki analizy/badania przygotowywane przez Wykonawcę w formacie nie wymagającym zakupy dodatkowego oprogramowania przez Zamawiającego. Producent systemu do analizy musi udostępniać darmowe, bez limitu licencji, oprogramowanie do wizualizacji, automatycznie przeanalizowanych wyników, które można pobrać bezpośrednio z jego strony internetowej. Oprogramowanie niewymagające dedykowanego komputera o dużej mocy obliczeniowej.
11) Oprogramowanie do wizualizacji musi również umożliwiać pobranie zdjęcia po barwieniu H&E lub IF i nałożenie na zdjęcie wyników analizy molekularnej.
12) Przekazywane przez Wykonawcę dane musza być w formacie otwartym, umożliwiającym ich wykorzystanie w innych, komercyjnie dostępnych, oprogramowaniach.
13) skrojony i nałożony na slajdy materiał może być dostarczony jednorazowo lub etapami w zależności od wymagań wykonawcy, uzyskane wyniki wykonawca będzie dostarczać każdorazowo po zakończeniu partii badań wraz z odesłaniem slajdów ze skrawkami.
14) Czas na wykonanie przedmiotu zamówienia maksymalnie do dnia 15.12.2025 r. lub do dnia przekazania Zamawiającemu wszystkich wyników badań.
3. Szczegółowy opis przedmiotu zamówienia, w tym warunki i zasady realizacji tego przedmiotu zamówienia, określa Wzór umowy (załącznik nr 3 do SWZ).

Po zmianie:
1. Przedmiotem zamówienia jest wykonanie analizy transkryptomu na skrawkach tkanek utrwalonych w parafinie na potrzeby Zakładu Histologii i Embriologii Uniwersytetu Medycznego im. Piastów Śląskich we Wrocławiu.
2. Krótki opis przedmiotu zamówienia:
Przedmiot zamówienia obejmuje:
1) Wykonanie analizy molekularnej o rozdzielczości subkomórkowej na skrawkach tkanek FFPE, tkanki w postaci mikromacierzy tkankowych, brak konieczności optymalizacji próbek przed analizą.
2) Analizę ludzkich tkanek nowotworu piersi z wykorzystaniem systemu do analizy opartego o dedykowane, wysoce specyficzne sondy i odczyt sygnału fluorescencyjnego.
3) Wykonanie analizy dla minimum 20 skrawków, przeanalizowanie minimum 47cm2 tkanki.
4) Dla każdej próbki analiza przynajmniej 280 genów ludzkich - gotowy panel sond zaprojektowany i przetestowany przez producenta.
5) Możliwość dodania do 100 genów do analizowanej puli, w tym możliwość zaprojektowania sond do wykonania izoform, transgenów i translokacji.
6) Analizę o rozdzielczości subkomórkowej, precyzja lokalizacji transkryptu w płaszczyźnie xy nie gorsza niż 30 nm, dla każdego wykrytego transkryptu muszą być podane współrzędne xyz.
7) W celu precyzyjnego wykrycia komórek segmentacja oparta na minimum 3 lub 4 poziomowym systemie barwienia: jąder komórkowych i/lub białek błonowych i/lub cytoplazmatycznych i/lub 18S r RNA.
8) Proces analizy nie może mieć niszczącego wpływu na analizowaną tkankę, aby po zakończeniu analizy była możliwość wykonania barwienia H&E lub immunofluorescencji dokładnie na tym samym, badanym skrawku.
9) Wykorzystany do analizy system, na podstawie zebranych sygnałów fluorescencyjnych, musi automatycznie wykonywać analizę danych, to znaczy: segmentację i klastrowanie komórek, wykonywanie transkryptów i wizualizowanie ich lokalizacji na tkance, podawanie liczby wykrytych transkryptów. Przeanalizowane dane dostarczone w takiej formie, że nie jest konieczna zaawansowana analiza bioinformatyczna.
10) Wyniki analizy/badania przygotowywane przez Wykonawcę w formacie nie wymagającym zakupy dodatkowego oprogramowania przez Zamawiającego. Producent systemu do analizy musi udostępniać darmowe, bez limitu licencji, oprogramowanie do wizualizacji, automatycznie przeanalizowanych wyników, które można pobrać bezpośrednio z jego strony internetowej. Oprogramowanie niewymagające dedykowanego komputera o dużej mocy obliczeniowej.
11) Oprogramowanie do wizualizacji musi również umożliwiać pobranie zdjęcia po barwieniu H&E lub IF i nałożenie na zdjęcie wyników analizy molekularnej.
12) Przekazywane przez Wykonawcę dane musza być w formacie otwartym, umożliwiającym ich wykorzystanie w innych, komercyjnie dostępnych, oprogramowaniach.
13) skrojony i nałożony na slajdy materiał może być dostarczony jednorazowo lub etapami w zależności od wymagań wykonawcy, uzyskane wyniki wykonawca będzie dostarczać każdorazowo po zakończeniu partii badań wraz z odesłaniem slajdów ze skrawkami.
14) Czas na wykonanie przedmiotu zamówienia maksymalnie do dnia 15.12.2025 r. lub do dnia przekazania Zamawiającemu wszystkich wyników badań.
15) Zamawiający w celu realizacji przedmiotu zamówienia, zapewni Wykonawcy odczynniki do analizy transkryptomu na skrawkach tkanek utrwalonych w parafinie firmy 10XGenomiscs.
3. Szczegółowy opis przedmiotu zamówienia, w tym warunki i zasady realizacji tego przedmiotu zamówienia, określa Wzór umowy (załącznik nr 3 do SWZ).

3.4.) Identyfikator sekcji zmienianego ogłoszenia:

3.4.1.) Opis zmiany, w tym tekst, który należy dodać lub zmienić:

Przed zmianą:
1. Termin realizacji przedmiotu zamówienia: Wykonawca będzie realizował przedmiot zamówienia w terminie od dnia podpisania umowy do dnia 15.12.2025 r. lub do dnia przekazania Zamawiającemu wszystkich wyników badań, w zależności od tego, które ze zdarzeń nastąpi pierwsze.
2. Termin realizacji zamówienia został określony datą, z uwagi na konieczność realizacji i rozliczenia dofinansowania w ramach umowy o objęcie wsparciem środków Krajowego Programu Odbudowy nr: 2024/ABM/03/KPO/KPOD.07.07-IW.07-0071/24-00 pn.: „Ocena zmian profilu ekspresji genów zależnych od PIP (prolactin-induced protein) w zależności od podtypu molekularnego raka gruczołu piersiowego w aspekcie odpowiedzi na chemioterapię" - Uniwersytet Medyczny im. Piastów Śląskich we Wrocławiu. Numer projektu: KPOD.07.07-IW.07-0071/24.

Po zmianie:
1. Termin realizacji przedmiotu zamówienia: Wykonawca będzie realizował przedmiot zamówienia w terminie od dnia podpisania umowy do dnia 15.12.2025 r. lub do dnia przekazania Zamawiającemu wszystkich wyników badań, w zależności od tego, które ze zdarzeń nastąpi pierwsze.
2. Termin realizacji zamówienia został określony datą, z uwagi na konieczność realizacji i rozliczenia dofinansowania w ramach umowy o objęcie wsparciem środków Krajowego Programu Odbudowy nr: 2024/ABM/03/KPO/KPOD.07.07-IW.07-0071/24-00 pn.: „Ocena zmian profilu ekspresji genów zależnych od PIP (prolactin-induced protein) w zależności od podtypu molekularnego raka gruczołu piersiowego w aspekcie odpowiedzi na chemioterapię" - Uniwersytet Medyczny im. Piastów Śląskich we Wrocławiu. Numer projektu: KPOD.07.07-IW.07-0071/24.
3. Przedmiot zamówienia zostanie zrealizowany w trzech etapach, z których dwa pierwsze zakończą się Raportem Częściowym, a ostatni Raportem końcowym:
a) Etap I – analiza 2 szkiełek (4 skrawków tkanki) w terminie 10 dni od dnia otrzymania szkiełek od Zamawiającego,
b) Etap II – analiza 5 szkiełek (10 skrawków tkanki) w terminie 25 dni od dnia otrzymania szkiełek od Zamawiającego,
c) Etap III - analiza 3 szkiełek (6 skrawków tkanki) oraz dodatkowo analizowanych skrawków tkanek utrwalonych w parafinie w przypadku deklaracji Wykonawcy w Formularzu ofertowym, w terminie do 15.12.2025 r.

3.4.) Identyfikator sekcji zmienianego ogłoszenia:

3.4.1.) Opis zmiany, w tym tekst, który należy dodać lub zmienić:

Przed zmianą:
2025-09-08 09:00

Po zmianie:
2025-09-12 09:00

3.4.1.) Opis zmiany, w tym tekst, który należy dodać lub zmienić:

Przed zmianą:
2025-09-08 09:15

Po zmianie:
2025-09-12 09:15

3.4.1.) Opis zmiany, w tym tekst, który należy dodać lub zmienić:

Przed zmianą:
2025-10-07

Po zmianie:
2025-10-11